事业单位不同于企业和政府，也与一般意义上的非政府组织（NGO）、民间非营利组织（NPO）有所不同。事业单位是由国家设立或其他组织利用国有资产设立的，以社会公益为目的的公共服务机构。

事业单位与企业的主要不同在于事业单位不以营利为组织存在的目的、没有可分割的权益、也没有对具体所有者的分红或投资回报。因此，事业单位天然地缺乏企业那样的股东或所有者基于利益而对组织的密切关注，也缺乏像企业所面临的市场检验。对事业单位监管一般是由举办事业单位的政府部门或组织进行的，可以认为国家或举办单位是受公共利益的委托对事业单位进行监督管理，事业单位与举办者之外的利益相关者存在着较长的代理链条，监督管理具有间接性的特点。

事业单位与政府也不同。虽然事业单位与政府都是科层组织，具备科层组织的基本特性，但是事业单位往往也是专业组织，特别是对于教育、医疗、科研等行业的事业单位来说，专业组织的运行规律十分突出。这类组织中，专业权力与行政权力并行，单位的治理和管理面临更为复杂的情况，存在着与政府规律的不同。事业单位可能设立下属事业单位，要承担对下属事业单位的监督和管理；事业单位可能投资设立企业，需要对营利性组织进行监督和管理，并承担保值增值的责任；有些事业单位（高校、科研院所）还会有科技成果转化，科技成果转化过程中对于无形资产的管理、处置、分配也具有一定的特殊性。

事业单位与民间非营利组织相同的是非营利性质，类似的是利益相关者特征明显。所谓利益相关者特征，就是事业单位存在着广泛的利益相关者，包括自身员工、服务对象、举办者、供应商、社会公众等，这些利益相关者从不同角度都会对事业单位有期望、有要求，甚至可以说，事业单位的经济行为选择是不同利益相关者利益均衡的结果。既然是利益均衡的结果，这些经济行为就有可能符合公共利益、也有可能不符合公共利益。但是，事业单位与民间非营利组织不同的是，事业单位作为政府举办的非营利机构，政府为事业单位提供资源、政策、权力，任命其管理者，定义其权限，影响其行为，政府是受公共利益委托行使监督管理职能的，也可以看作是事业单位最重要的利益相关者。

事业单位治理机构具有一定特殊性。虽然事业单位负责人都是上级部门任命的，但是事业单位治理机构的成员（党委会、办公会、院务会等）都是内部的，大多数成员也是内部产生的。因此，在事业单位治理中，需要避免过于从组织内部利益角度或被内部成员“绑架”来考虑问题、决策事项、执行业务、监督自我。

从事业单位的产品或服务的特征看，事业单位的主要产品可能是公共服务，很多具有公共品和准公共品的性质，这类公共服务或多或少存在着外部性问题，而存在外部性的服务倾向于供给不足。事业单位的公共服务中，又有一些产品（比如教育、科研成果）的效果具有长期性和隐蔽性，质量标准模糊、难以衡量，这种情况可能会导致对事业单位服务质量的监督困难。因此，公共服务数量供给不足和质量监督困难，与事业单位治理机构成员内部化特征“耦合”在一起，导致事业单位的决策可能与社会需要存在距离、甚至脱节，组织行为偏离社会公益目标，甚至偏离组织宗旨。需要重视的潜在问题有以下几个方面：

1.营利动机过强。事业单位取得事业收入、经营收入，往往是利用其生产能力去服务社会和市场所赚得的收入来源，这类自筹收入的使用分配管理往往具有自主性和灵活性。如果事业单位不顾服务对象的反对做出提高服务收费的决策，就可能产生对收入合法性的质疑；如果收入中与副业相关的收入占比越来越大，那么收入结构就可能反映出偏离主业的问题；如果经营收入侵占公共服务能力和资源，就可能影响社会公共服务的数量和质量，等等。

2.不负责任的支出。虽然事业单位的预算需要上级部门批准，但是由于委托代理关系中存在着信息不对称，上级部门不可能管也不可能管到所有的细节。如果事业单位过于关注自身利益或者迫于内部压力，就有可能超过自身财力进行资源分配；支出结构不能聚焦主业、支持核心业务，而更多地支持可以“赚钱”的业务；支出效率和效果不符合社会期望、存在低效和浪费的问题。

3.过度负债行为。多年来，一些事业单位被曝出“形象工程”、劳民伤财；还有些事业单位的决策者不顾发展规律，好大喜功，短期行为明显。这些巨额甚至竭泽而渔的投资会导致财务状况恶化，影响单位的可持续发展。

事业单位的运行绩效需要一定的法人自主权，而法人自主权是政府和举办单位授予的，因此，事业单位绩效与环境有关，事业单位的利益相关者不同程度地影响着单位的绩效。毫无疑问，在诸多利益相关者中，政府是最重要、也是对事业单位影响最大的利益相关者。政府扮演着三种角色：一是资源提供者，作为公共利益代表对事业单位进行投入；二是事业单位的举办者，对所举办的事业单位进行管理，或者参与事业单位的治理；三是社会管理者，对事业单位行为进行规范，事业单位的角色是社会活动的参与者，应当服从规范。由于存在着三重关系，事业单位的行为与政府行为之间就具有了高度的相关性。

有些公益二类事业单位（高校、医院、科研院所等）往往是大型复杂的专业性组织。这类事业单位对外是一个机构，内部则划分为若干业务单位和职能部门。这类事业单位所提供的产品或服务，部分地面对市场和社会，市场检验虽然不完整，但也可以是一种监督力量。从另一个角度说，这类单位服务社会的过程中，取得的收入也是对财政投入的重要补充。因此，应当支持这类单位接受市场检验、改进服务、多渠道筹集资金。如果简单地“统收统支”，就会产生“搭便车”问题，既会造成严重的政府财政负担，也会带来严重的效率低下。因此，在这类大型事业单位，往往需要适当地划分不同层级、不同目标的“核算单位”。这些经济核算单位既有二级单位层级的院系、科室、部处、中心，也可以是更具体层级的项目。这些核算单位收入支出相对独立，或者专款专用，涉及到核算单位之间的经济业务，则采取“亲兄弟、明算账”的方式进行收支。比如：有些高校和医院，对于使用水电的各个部门和单位收取水电费，对于占用房屋资源的部门和单位收取房屋资源调节费，对于使用公共实验测试平台的项目收取测试费、分析费，事业单位对于利用公共条件收取管理费、间接费等等。

《事业单位财务规则》（2012）规定“事业单位的财务活动在单位负责人的领导下，由单位财务部门统一管理。” 事业单位治理机构虽然是高度内部化的，但是其产品和服务具有公共服务产品特征，许多经济活动已经不是内部管理的事情，会涉及到内部和外部诸多利益相关者，越来越多地表现出参与性、协调性。因此，要在事业单位治理体系中体现内部与外部利益的平衡，需要外部监督更加严密，程序更加透明，决策的民主性和科学性要有保障，财务信息要通过年报等方式向社会公开，并及时全面回应社会问责。《事业单位财务规则》需要将这些要求表达得更清楚。

近年来的科研“放管服”改革中，下放权力就意味着将经费分配、经费使用的自主权下放给从事创新科研类事业单位。对于高校、医院、科研院所等事业单位，应当允许这些事业单位按照运行规律制定经费使用规则，并要求其经费使用行为应当“自恰”。在这些单位实施政府采购、国库集中支付的过程中，应考虑事业单位业务的不同规律而进行适应性调整，增加灵活性。应当允许事业单位按照自身的规律开展收支，鼓励事业单位适当积累。国家对于事业单位的审计监督既要有权威性，又要简化和统筹各方面的审计，实现审计结果的共享。

《事业单位财务规则》（2012）规定“事业单位预算应当自求收支平衡，不得编制赤字预算。”对于这个要求的理解可能存在歧义。事业单位预算平衡不仅是收入与支出的平衡，更重要的是收入、结余使用和支出的平衡。这就要求事业单位在编制预算时：（1）如果结余使用为零，预算平衡就意味着当年支出不允许超过收入；（2）如果结余使用为负数，预算平衡就意味着支出不允许超过弥补了上年赤字的收入；（3）如果存在着举债来源和支出，预算平衡就意味着在还款期内的每一年中，包含还本付息的支出不能超过收入加结余使用；（4）要求债务支出必须纳入平衡，并要求举债决策作为预算决策的重要内容。因此，要引导事业单位的经济行为不竭泽而渔、不过度负债，取之有道、用之有度，物有所值、物尽其用。

《事业单位财务规则》（2012）规定“事业单位应当提高资产使用效率，按照国家有关规定实行资产共享、共用”，仅仅这一提倡性的条款还不够，在实际工作中缺乏的是制度的保证和支持。《事业单位财务规则》应当留有余地并与其他相关规章进行协调，对事业单位内部经济核算的会计处理提出规范，对内部服务收费行为及原则予以确认，并支持内部经济往来取得免税政策。